Het verzoek om terug te keren werd ingewilligd, maar kort daarna verdween het toestel van de radar. Tjahjono zei te hopen dat de vluchtdatarecorder en cockpit voice recorder snel gevonden worden. Het wrak ligt op vijftien kilometer van de kust op een relatief geringe diepte van 30 tot 35 meter.

Het twee maanden oude vliegtuig met 189 inzittenden crashte maandagochtend dertien minuten na de start vanaf de luchthaven van Jakarta. Het toestel had Pangkal Pinang als geplande eindbestemming. Het weer was helder.

De autoriteiten gaan er al van uit dat alle passagiers en bemanningsleden om het leven zijn gekomen. De eerste lichamen zijn inmiddels uit het water gehaald. Het ministerie van Buitenlandse Zaken laat weten dat er geen aanwijzingen zijn dat er Nederlanders aan boord waren. 

Reputatie
Indonesië is een van de snelst groeiende luchtvaartmarkten er wereld, maar heeft een bedenkelijke veiligheidsreputatie. Tot enkele jaren geleden stond de meerderheid van de Indonesische luchtvaartmaatschappijen (waaronder Lion Air) nog op de Europese zwarte lijst van onveilige airlines. Tot de weinig airlines die die allang niet meer op die lijst stonden behoorde Garuda Indonesia.

Het meeste recente grote ongeval met een verkeersvliegtuig in Indonesië vond plaats op 28 december 2014, toen een Airbus A320 van AirAsia Indonesia in zee crashte. Daarbij kwamen alle 162 inzittenden om het leven. Wanneer alle inzittenden van vlucht JT610 om het leven zijn gekomen, gaat het om de grootste vliegramp in Indonesië sinds 1997.