In 2003 verplaatste de DDA een deel van haar activiteiten naar Lelystad, vanwege een samenwerking met het Aviodrome. Schiphol bleef echter, vanwege de nauwe band met KLM, de thuisbasis. In 2011 fuseerde de DDA met het Aviodrome, waardoor de stichting zich permanent in Lelystad vestigde.

Door het faillissement van het museum ging het datzelfde jaar terug naar Schiphol. Toen de lange samenwerking met KLM ten einde kwam, en dus ook de hangar op Schiphol niet langer kon worden gebruikt, trok de DDA in bij de Stichting Exploitatie Catalina op Lelystad. Die nam vorig jaar afscheid van haar Catalina-vliegboot, en de hangar waar ook de Dakota van de DDA stond werd verkocht.

De DDA krijgt nu opnieuw onderdak op Schiphol in hangaar 32, die gehuurd wordt door JetSupport. De DC-3 met registratie PH-PBA, die op dit moment op vliegbasis Gilze-Rijen staat bij de Stichting Koninklijke Luchtmacht Historische Vlucht, keert medio november terug naar Schiphol.

DDA Classic Airlines hoopt in 2021 weer rondvluchten met de Dakota te kunnen aanbieden.