De drie piloten hadden naar eigen zeggen geen "visueel contact" met het andere vliegtuig, aldus een woordvoerder. Wel zag een van hen een "object' vlak voor de botsing op vliegveld Haneda in Tokio. Het drietal wist pas van de brand af toen het op de hoogte werd gebracht door het cabinepersoneel.

De medewerkers openden in verband met de brand aanvankelijk alleen twee van de acht nooduitgangen, nadat zij toestemming hadden gekregen vanuit de cockpit. Een derde uitgang werd later geopend. Omdat het intercomsysteem was beschadigd, gebeurde dit zonder toestemming van de piloten. De evacuatie duurde 18 minuten.

Alle 379 passagiers en bemanningsleden verlieten het toestel voordat het volledig vlam vatte. Twee personen raakten gewond. Vijf van de zes inzittenden van het kleinere vliegtuig kwamen om het leven. Onderzoekers uit Japan, Frankrijk, Canada en het Verenigd Koninkrijk onderzoeken het ongeval en gaan door de wrakstukken op de luchthaven, waar het vliegverkeer ook donderdag is verstoord.

Over de toedracht van het ongeval zijn tegenstrijdige verklaringen afgelegd. De Japanse autoriteiten zeiden woensdag op basis van transcripties dat het Japan Airlinesvliegtuig toestemming had voor een landing en dat het kustwachttoestel geen toestemming had voor vertrek. De piloot van de kustwacht zei dat zijn toestel toestemming had om de baan op te gaan.