De Egyptische kaper, die Seif Eldin Mustafa heet, had volgens de Cypriotische staatstelevisie vermoedelijk persoonlijke motieven. Hij zou de politie hebben gevraagd een door hem geschreven brief aan zijn ex-vrouw, die in Larnaca woont, te geven. Volgens ooggetuigen gooide Mustafa de in het Arabisch gestelde brief uit een raam van het vliegtuig.

Over de beweegredenen van Mustafa is veel onduidelijkheid. De Cypriotische staatsomroep berichtte later dat de kaper heeft gevraagd om de vrijlating van vrouwelijke gevangenen in Egypte. Bronnen bij de politie melden dat hij asiel heeft aangevraagd.

De Egyptische autoriteiten, die de dader eerder per abuis identificeerden als Ibrahim Samaha, hebben Samaha hun verontschuldigingen aangeboden. De hoogleraar diergeneeskunde aan de universiteit van Alexandrië was een van de gegijzelde passagiers.

Aan boord waren volgens het ministerie van Buitenlandse Zaken in Den Haag ook zes Nederlanders, die allen het vliegtuig van de kaper mochten verlaten.